输尿管结石绝大多数来源于肾脏，包括肾结石或体外震波后结石碎块降落所致。由于尿盐晶体较易随尿液排入膀胱，故原发性输尿管结石很少见。有输尿管狭窄、憩室、异物等诱发因素时，尿液滞留和感染会促使发生输尿管结石。

输尿管结石其他病因有以下几种：

病因一：高钙血症诱发的并发症

这是钙性结石得诱发因素。小儿输尿管结石中常见的是草酸钙，可能并发于高钙血症，如甲状旁腺功能亢进、类肉瘤病、长期卧床、维生素D过高等。

病因二：胱氨酸

胱氨酸结石约占泌尿系结石的1%，是先天遗传性的肾小管功能缺陷性疾病。因肾小管对胱氨酸、赖氨酸、精氨酸和鸟氨酸的重吸收不良，以致尿内的浓度过高，仅胱氨酸能形成结石。

病因三：细菌感染

能分解尿素的细菌所引起的泌尿系感染造成尿碱化及产生过多的氨导致积坠成磷酸钙胺和磷酸钙结石。该结石因为异物引起梗阻，结石也常与细菌密切相关致使持续出现尿路感染。

病因四：高尿酸、尿量少和持久性酸性尿

临床发现，尿酸结石约占泌尿系结石的5%至10%。尿高尿酸、尿量少和持久性酸性尿是促进尿酸结石形成的因素。