泌尿系统梗阻肾结石使泌尿管腔内堵塞，造成梗阻部位积水。结石性梗阻常为不全性梗阻，有的结石表面有小沟，尿液可沿小沟通过；有时结石虽较大，但出现铸状结石。尿仍能沿结石周围流出，长时间内不引起积水，肾盂壁纤维组织增生变厚时，扩张不明显。

肾结石发生梗阻这是因发病缓急不同，临床表现出较大差异。尽管会引起肾盂积水，但临床一般以肾盂积水为表现。肾盂积水有时没什么临床症状，部分肾盂积水形成较严重的程度，腹部出现肿物和肾功能不全，有的无尿时才被发现。

局部损伤小而活动较大的结石，对局部组织损伤轻，鹿角状结石会使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，这样可能会出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，这样会出现纤维化。

移行上皮细胞长时间受结石刺激后，发生鳞状上皮细胞化病变、尿脱落细胞学检查。尿脱落细胞异常经确诊，从中可获得尿路上皮细胞发生异常改变。对于长时间存在的肾盂或膀胱结石都要想到上皮细胞病变的可能，手术取活体组织送冰冻切片检查。